Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:
•    obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
•    specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.

Obszary Natura 2000 stanowią 40 proc. gruntów w zarządzie Lasów Państwowych, zajmują ponad 2,8 mln ha
Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju.
Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenie Nadleśnictwa Lubaczów utworzono następujące obszary Natura 2000:

Obszar OSO Natura 2000 - Roztocze

Obszar ostoi obejmuje pas wzniesień ciągnących się z północnego zachodu na południowy wschód. Część obszaru to fragment długiego wału Roztocza, łączącego Wyżynę Lubelską z Wyżyną Podolską (powierzchnia terenu na wysokości 100-150m, z kulminacjami Wapielni i Wielkiego Działu - do 400m n.p.m.. Północna część znajduje się w obniżeniu (Padół Zamojski). Na obszarze występuje co najmniej 40 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, z czego 7 było kluczowych dla wyznaczenia ostoi ptasiej: trzmielojad, orlik krzykliwy, puszczyk uralski, dzięcioły: zielonoszyi, białoszyi i białogrzbiety, muchołówka białoszyja.
Z załącznika I Dyrektywy Siedliskowej warte wymienienia są bąk, bączek i rybitwy, odbywające tu lęgi. Spoza załącznika warto wspomnieć śmieszkę (odbywa lęgi na obszarze ostoi) oraz krzyżówkę (ostoja jest dla niej miejscem odpoczynku i żerowania w okresie migracji)

Obszar SOO Natura 2000 - Horyniec
Obszar leży na wysokości 220–368 m n.p.m. W północnej części obszaru występuje urozmaicona rzeźba terenu i niewielkie zagospodarowanie. Ponad połowę powierzchni obszaru (51%) zajmują lasy (w tym 32% to lasy iglaste), znaczną część stanowią również grunty orne (34%).
W obszarze stwierdzono 5 siedlisk przyrodniczych z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej, w tym: niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie, żyzne buczyny, grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny oraz siedliska priorytetowe - łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe oraz 6 gatunków zwierząt z Załącznika II tej Dyrektywy, w tym: kolonię rozrodczą nocka dużego oraz zimowiska i żerowiska nocka dużego, nocka łydkowłosego oraz mopka oraz 1 watahę wilków (5-6 osobników) oraz populację przeplatki aurinii - rzadkiego motyla.

Obszar SOO Natura 2000 - Uroczyska Roztocza Wschodniego
Obszar leży w granicach Roztocza Wschodniego ze wzniesieniami Długiego i Krągłego Goraju na wysokości 252-391 m n.p.m. Rzeźba terenu charakteryzuje się dużymi deniwelacjami osiągając nawet 140 m. Ostoja obejmuje równie zróżnicowaną mozaikę siedlisk leśnych (od lasów bukowych na siedliskach żyznych po wydmy porośnięte lasami sosnowymi z bardzo rzadkimi na Lubelszczyźnie borami chrobotkowymi i zasadowym torfowiskiem koło Hrebennego) ze śródleśnymi polanami, głębokimi wąwozami i naturalnymi dolinami potoków, stawami, wilgotnymi łąkami i gruntami ornymi.
Na terenie obszaru występuje 7 typów siedlisk z Zał. I, w tym: oprócz tych wskazanych w SOO Natura 2000 – Horyniec, dodatkowo górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk, kwaśne buczyny i sosnowy bór chrobotkowy  oraz 10 gatunków zwierząt z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej, w tym m.in.: mopek, nocek Bechsteina i duży, wilk, ryś, kumak nizinny czy jelonek rogacz.

Obszar SOO Natura 2000 - Łukawiec
Obszar obejmuje fragment krajobrazu leśno-łąkowego wykształconego wzdłuż cieków wodnych i w wilgotnych zagłębieniach. Ponad 80% obszaru zajmują lasy: liściaste (grądy i kilka rodzajów łęgów) - 46%, mieszane – 41% i iglaste – 5%. Łąki zajmują 3% powierzchni, a siedliska rolnicze – 5%.
W Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej wymienione jest występujące tu licznie ponikło kraińskie - Eleocharis carniolica - 200 osobników. Gatunek ten znajduje się na północnej granicy zasięgu i jest to jedyne jego stanowisko niżowe w Polsce. Na łąkach ostoi stwierdzono również cenne gatunki roślin i motyli, w tym 4 gatunki z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej: Modraszek teleius, Czerwończyk nieparek, Modraszek nausitous oraz Przeplatka aurinia. Dla tego ostatniego gatunku ostoja Łukawiec jest kluczowym obszarem ochronnym na Podkarpaciu.
Na terenie obszaru występuje 7 typów siedlisk z Zał. I, w tym: priorytetowe bory i lasy bagienne oraz łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe i dodatkowo m.in. zmiennowilgotne łąki trzęślicowe czy łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe.